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系统： ubuntu 10.10 64位

再使用amule下载verycd资源的时候，当复制ed2k文件的时候会出现乱码问题（好吧，我确实再下载盗版。。。），解决办法参考
http://www.u2game.net/bbs%20/thread-27084-1-1.html

当然这篇文章讨论的不是amule中文显示的问题，即使通过上面的方法下载的压缩包为中文，结果解压之后的文件还是乱码，原因是我使用了rar进行了.rar文件的解压。也许是对中文支持不够完善的原因吧，这样的解压方法产生的文件名是乱码。其实ubuntu并没有默认安装rar，所以如果需要解压rar文件的时候请安装

p7zip-rar

sudo apt-get install p7zip-rar

然后双击rar即可产生正确的中文文件名称。

笔者系统 ubuntu lucid（10.04）64 bit
现在R的release的稳定版本是2.12,我希望安装开发版本，也就是2.13的版本。

为什么要安装开发版本呢？因为使用开发版本开发自己的包，可以保证在下个稳定版本中，各个包之间的兼容性，所以开发人员一般都在使用系统的开发版本，R的开发版本来作为自己的开发环境，这样有bug可以及时的上报，从而保证在下一个释放周期中给出的版本更加的稳定。我也是第一次安装开发版本，原因是Bioconductor的开发也是完全依赖于R的，也就是说Bioc的开发版本必须是在R的开发版本下进行开发才可以。

所以今天就硬着头皮装一个好了，下载最新的开发包，我这里不介绍svn的方法了，直接用官网上提供的每天生成的包
进入官网，点击左边software下的R source，下载安装适合自己系统的R-devel的版本。

如果英文不错，可以参考下面的英文manual‘

解压缩

tar -zvxf R-devel.tar.gz

生成了R-devel的文件夹，进入，运行下列命令，下载推荐的包，注意，链接中的dir要改成x.y.z/Recommended，在这里可以找到你要得链接， 我用2.13.0/Recommended/代替下面的dir.

wget -r -l1 --no-parent -A*.gz -nd -P src/library/Recommended 

http://CRAN.R-project.org/src/contrib/dir

./tools/link-recommended

接着运行

./configure

如果没有顺利通过，可能是应为系统依赖不完整的原因，比如提示缺少X11头文件的话可以尝试运行

sudo apt-get install libX11 libX11-devel libXt libXt-devel

再进行configure应该就可以顺利通过了，接着运行

make

这一步可能会报错，比如再安装推荐包的时候，会出现cluster那个包的安装错误信息，目前未修复，可以暂时忽略，不太影响使用

接着运行

make install

或者，如果你使用checkinstall,请运行

checkinstall

安装完毕，运行R，会发现已经是最新版本了，而且用biocLite()安装的也是开发版本的包了。

我使用的是Ubuntu 64位，用ibus控制我的拼音输入，首先在emacs下最原始的中文输入法应该是

M+x set-input-method RET

M是alt,RET是回车的意思，然后提示输入
chinese-py-punc 在回车
就可以输入中文了，但是这是非常原始的输入方法，不如智能拼音好用，但是大家会发现用ibus中的Ctrl+space无法在emacs中激活，原因是这个键位是emacs中的保留键，用来mark set的用的，鉴于emacs使用的比较多，我们还是把ibus激活输入法的快捷键改为shift+space的好。
只需要在
system:preference:ibus preferences中设置即可

当你发现输入乱码或者输入的字都不知道飘到哪里去的时候，很有可能你装的是英文系统，那么需要更改locale，请在终端中修改下面文件

sudo gedit /etc/environment

加入下面代码

LC_CTYPE="zh_CN.UTF-8"

保存，重新启动计算机
再重新打开emacs，问题应该会得到解决了

window下完全没有经验。。但是解决办法也应该类似吧。。

被cloud _wei提醒，我才发现别的编辑器比如tinn-R有函数高亮的功能, 所有刚换过来的用户会很不舒服。。。没有用过别的所以，所以傻乎乎的用了2年觉得都没啥不舒服的地方，就好像Yihui说，那个.Rhistory怎么删除，我说：难道不是所有编辑器都自动产生这个文件吗？汗。。。我好土啊，好了言归正传。搜了下解决方案，目前有这个方法。
原文的讨论在这里，大家注意，这个方法不能动态识别函数，也就是说，你定义的函数，和加载的包，他们的函数无法高亮。

在R中运行下面的命令，目的是收集主要包的函数名称，生成外部文件，之后运行emacs自动读取，进行高亮
下面这部完全取决于用户想要导入什么包的函数，高亮那些东西，这里只导入基本包

obj <- do.call("c", sapply(c("package:base", "package:stats",
"package:utils"), objects, all.names=TRUE))
re <- "(^[^.[:alpha:][:digit:]]|<-|__)"  # to remove "weird"
obj <- obj[-grep(re, obj)]
fpath <- file.path(Sys.getenv("HOME"), ".emacs.d",
"R-function-names.txt")
write.table(obj, fpath, quote=FALSE, row.names=FALSE,
col.names=FALSE)

好了产生文件后在，.emacs中加入,我把原作者地址也包含上去了

;; Read a whole file into list of lines
;; Author: Xah Lee
;; see http://xahlee.org/emacs/elisp_process_lines.html
(defun read-lines (file)
"Return a list of lines in FILE."
(with-temp-buffer
(insert-file-contents file)
(split-string
(buffer-string) "n" t)
)
)

(add-hook 'ess-mode-hook
 '(lambda()
 (setq ess-my-extra-R-function-keywords
 (read-lines "~/.emacs.d/R-function-names.txt"))
 (setq ess-R-mode-font-lock-keywords
 (append ess-R-mode-font-lock-keywords
 (list (cons (concat "\<" (regexp-opt
 ess-my-extra-R-function-keywords 'enc-paren) "\>")
 'font-lock-function-name-face))))))
  ;; If you don't like the particular color, you can change the "
;; 'font-lock-function-name-face " to something else (see the code in
  ;;ess-custom.el file).

重启之后，打开R文件，应该可以看到效果了，可是我看起来突然感觉很别扭。。。

大家如果有更好地办法，一定告诉我，这种暴力办法虽然解决了高亮的问题，感觉还不是特别方便的

今天启动电脑，如往常一样，隔三差五的升级提示，点了自动升级
重新启动，无线明明打开，但是右上角显示 Network disabled,晚上搜到的解决办法

打开终端
运行

sudo rm /var/lib/NetworkManager/NetworkManager.state

重新启动

搞定

这些天在用Sweave+ESS写作业，出现了些之前没有遇到过的问题。之前直接写pdf的时候，一路C-c c按倒底，通常是3-4次（算上修正链接的话），直接完成latex到pdf预览的过程，十分的方便。
在Sweave中之前我一直使用了不大方便的转换方法

M-n s: run Sweave

M-n l: run latex

M-n l: run latex(修正链接的数字)

M-n p: generate ps file and view
问题出现了，当在Sweave中强制用includegraphics包裹外部图片的时候，比如png, jpg等等，问题出现了，无法完成编译，提示无法定义图片大小，溢出框架的等等错误，按照别人的建议，尝试用类似[bb=0 0 800 600][scale=0.5]之类的方法解决，错误提示消失了，但是无法在ps，pdf中显示图像。
最后发现正确的使用习惯是

M-n s: run Sweave

M-n P: (pdflatex)注意这里是大写的P

这里又出现两个问题，

一如何更改默认的M-n P 调用pdflatex

二如何生成pdf的时候，直接用自己偏好的pdf阅览器调出pdf并预览

我发现别人没有这个问题，应该是我自己的设置问题。

如何解决这些问题，答案都是在ESS邮件列表中的用户Frede的帮助下找到的

第一个问题：

当光标在Tex文件或者Sweave文件的buffer中时候，运行

C-h v ess-swv-pdflatex-commands [RETURN]

会出现

***********************************************************************
ess-swv-pdflatex-commands is a variable defined in `ess-custom.el’.
Its value is
(“pdflatex” “texi2pdf” “make”)

手动将pdflatex移动到第一项，点击保存即可。

第二个问题：

大家可以在ess.el中发现如下一段话

本校中国学生会，因为新建论坛人气不旺，直接决定取消邮件列表，对于存在几年的交流方式和用户群体，都不给个说话和讨论的机会，说的不好听，就是法西斯似的作法，难怪会引起这么多人的不满，你要是投票决定了，或者询问用户的建议，删不删除邮件列表这件事情我还真的无所谓。态度真是让人无法忍受。想当然以为自己享有绝对权利。

或说回来，哪个论坛刚建起来几周人气就超旺，学校就那么点中国人，连点耐心都没有，老在邮件列表上发论坛广告。心急吃不了热豆腐，物极必反，强烈怀疑中国学生会的公关能力。我记得我小学时候班里做个决定，小班委们还知道在全班搞个画“正”号的投票呢。真是优良传统一去不复返。

再此仅仅感慨和怀念童年的美好和纯洁，还有我们那些可爱的小班委们。

作为商业化的公司，免不了一身铜臭，为开源界所不齿，但是我确实强烈支持RevoR的出现的，他的正面意义远远大于负面意义。

原因如下（我怎么这么喜欢用list。。。）

1. 提供了Scaling R的办法，处理大数据的方法，开发的软件包都无尝贡献给了R community提供了平行运算的解决办法。为人所诟病的稳定性，售后服务，技术支持，GUI用户界面都得到了解决，再也不会被SAS的粉丝搞个哑口无言了。
2. 技术革新的力量，有了钱，公司是可以组织开发特定的项目，修复R的漏洞，提高R运行效率，免费release一些包。这对开源社区绝对有好处。
3. 我知道很多on board的revo R的成员都是有着多年开发经验的程序员，或者著名统计学家，以及有着丰富管理经验的人员。所以其实我对RevoR的好感还是没有降低的。他们对R的热爱程度不低于开源社区的人。
4. 说Revo R没有支持开源社区是不公平的。他们提供给学生和机构很多的研发机会和赞助。支持R的会议等等。
5. 推广R，扩大R的影响，大家不要小瞧这帮搞商业的人，他们就是比geek强，就是比程序员脑子灵活，Revolution Analysitcs在全球的成功和推广，对R社区是最大的帮助。单单推广效率这一点，开源社区是源源做不到的。
6. 最重要的一点，大家一定要看到R商业化最大的优势，就是提供R programmer的就业机会。现在对我来说，R是我的喜好，我的研究工具，但是工作的话，尤其在工业界，尤其是大药厂，基本都在用SAS，SAS那点维护费用对他们来说基本是毛毛雨，FDA也tnnd在用SAS搞分析，为啥，因为商业的软件提供的技术支持，和稳定是industry所需要的。无奈地我为了将来找份好工作（主要是生物统计和制药公司），不得不再学习下SAS，让我及其的不爽。可是现在有了RevoR，我预言很快的，三年之内，会有更多的工司采用Revo R，到时候我们不断的在Job market看到 R programmer的需求的。这点对我们来说，可以说是最最直接的影响。

这篇文章像是枪手写的，很可惜他们还真没给我5毛钱， 所以最后可以看出，我是Revo的大粉丝。比如我处理生物大数据的时候，速度效率确实是最让人头疼的问题，他们不断提供的解决方案确实帮助到很多人。我要大声的喊，R是一门语言，不是一个统计软件这么简单的事情。而他所提供的统计分析能力又是其他语言所不能及的。我预言，再过三年，R在全球的影响力，尤其生物信息生物统计这种对数据分析要求很高的领域，会成为最热门的平台之一。

http://www.r-china.org/

这里有相关版面提供讨论。

转自 http://www.r-china.org

http://r-china.org/forum.php?mod=viewthread&tid=58&extra=page%3D1

一：安装基本的Bioconductor组件
在BioC的官方网站上，存放着Bioc包的安装脚本，biocLite.R, 每次需要安装BioC的包之前，我们运行该脚本。source是运行代码脚本的命令，可以是本地文件，可以是网络上的文件。需要你有流畅的网络链接
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)

biocLite()

biocLite()是安装函数，相当于R中的常用的install.package命令，如果不传递需要安装的包的名称，那么则安装如下的组建。 affy, affydata, affyPLM, affyQCReport, annaffy, annotate, Biobase,biomaRt, Biostrings, DynDoc, gcrma, genefilter, geneplotter, GenomicRanges, hgu95av2.db, limma,marray, multtest, vsn, 和 xtable. 在下载和安装完成之后，会打印 “Installation complete” 和 TRUE.

同时biocLite()也有其他的参数，控制安装。
pkgs    字符，指定需要安装的包
destdir    文件系统路径
lib    安装包的库

二：安装额外的包

除了一种所描述的默认安装的包之外，R和Bioc有非常多的其他的包供安装，bioc包的分类参见[color=rgb(26, 129, 194)]BiocViews， 假设我们需要安装一个名为EBImage的包
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“EBImage”)

可以同时安装多个包
biocLite(c(“pkg1″,”pkg2″))

三：升级安装的包
Bioc的包尤其是那些开发版本的包，升级的非常频繁，如果需要同步更新的代码，需要升级。打开新的R。运行


source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
old.packages(repos=biocinstallRepos())

升级所有已经安装的包，运行


source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
update.packages(repos=biocinstallRepos(), ask=FALSE)

请阅读update.packages的帮助文档，获得更多的信息。极少的情况下，需要重新编译bioc的包，为了兼容C或者Fortran, 一个方法就是输入并且运行


source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
pkgs <- rownames(installed.packages())
biocLite(pkgs)

这将重新安装所有目前的已安装包，大家需要注意，可能对带宽要求极高。一般不建议进行。